Resmî tarih, Türklerin Anadolu’ya girişini, Selçuklu Sultanı Alparslan’ın Bizans İmparatoru Diogenes’i yendiği 1071 yılındaki Malazgirt Savaşı’yla başlatır. Bu savaşı izleyen yıllarda kurulan Anadolu Selçuklu Devleti’nin yıkılışını ise Anadolu’da yaşayan heteredoks Türkmenlerin gerçekleştirdiği Babaîler Ayaklanması’na bağlar. Hatta, bazı tarihçiler, bu ayaklanmadan hareketle, daha da geriye gidip Türklerin Anadolu’ya gelmeden önce kurduğu bazı devletlerin yıkılışından da Türkmenleri sorumlu tutar. Ortodoks ve heteredoks İslam arasındaki bu sancılı ilişki, zaman zaman şiddete de dönüşerek günümüze dek sürer. Bilimsellik iddiasıyla yola çıksa da temelinde politik olan bu tezlerde temel sorun, egemen olanın "öteki"ni anlamaktan uzuk durmasından kaynaklanır. Kendisine uğraş alanı olarak "zihniyet tarihi"ni seçen Reha Çamuroğlu, "Tarih, Heterodoksi ve Babaîler" adlı kitabıyla, çeşitli ideolojik kalıplar yüzünden zihni bulanmış okura, gerçekliği doğru alımlama kılavuzu sunar. Kitabın bir başka önemli özelliği ise, yazarın Doğan Kitapçılık tarafından yayımlanan diğer eserleri için de bir giriş niteliği taşımasıdır. Her bir kitabında Türk tarihinin en önemli sorunlarından birini oluşturan "Alevî-Sünnî" gerginliğini çözümlemeyi amaçlayan yazar, bu kitabında geliştirdiği tarih modeliyle sorunun temelindeki sosyo-politik, dinsel ve kültürel dinamiklerin temeline iner. Reha Çamuroğlu, yazının da icat edildiği bir kent devleti olması nedeniyle genel kabul gören "Tarih Sümer’den başlar" önermesinden yola çıkarak bu önermedeki saklı anlamları açımlayarak başlar kitabına. Yazar, "Sümer, kent demektir. Kent, iktidar; iktidar da devlet ve tahakküm" karşı önermesiyle, yazılı tarihin "erkek ve yaşlılara dayalı" karakterini, bunun toplumsal düzlemde yarattığı yerleşik-göçebe türünden asimetrik kavramları açığa çıkarır. Sadece galiplerden yana yazılan tarihin eksik kalacağına dikkat çeker. Bu önermeyle "tarih öncesi"ne bırakılan alanda eşitlikçiliğe dayalı bir geçmiş vardır ve geçmiş/bugün/gelecek ekseninde duran tarih biliminin asıl görevi, tahakküme meşruiyet yaratmaya çalışmaktan çok "öteki"ni de anlamak olmalıdır. Ancak bu yaklaşım sayesindedir ki, tarih bilimi kendisinden beklenen "toplum mühendisliği" rolünden de kurtulabilir. Geliştirdiği modelle tarihin her kilidini açamayacağını özellikle vurgulayan Çamuroğlu, her tarihçinin daha en baştan düştüğü "devletin ya da halkın tarihi"ni yazma ikileminden de böylece sıyrılmış olur. Babaîler Ayaklanması, Anadolu’da bir Türk topluluğunun yine bir Türk devletine karşı giriştiği en önemli başkaldırı hareketidir. Ayaklanma, 1240 yılında başlar ve yenilgiyle sonuçlanır. Selçuklu devlet yönetiminin, Anadolu’da göçebe olarak yaşayan halka, başta vergi olmak üzere, getirdiği sıkı düzene itiraz, ayaklanmanın temel nedenidir. Eyleme heterodoks dervişlerin önderlik etmesi, daha sonraki çarpıtmaların da kaynağını oluşturur ve bu olay tarihe, sanki dinsel bir başkaldırıymış gibi geçer. Reha Çamuroğlu "Tarih, Heterodoksi ve Babaîler"de ayaklanmanın olay yönü üzerinde durmaktan çok, heterodoks İslam’ın iktidar karşıtı özü ile bu zihniyetin ayaklanmaya dönüştüğü toplumsal-tarihsel koşulları çözümlemeyi tercih eder. Tarihe bakışını bu teori-pratik ilişkisi içinde temellendiren yazar, doğal olarak, kendisinden önce yapılmış çalışmaları da değerlendirir. Zengin içerikli dipnotlarda da sürdürülen bu değerlendirme, kaçınılmaz olarak bir hesaplaşmaya dönüşür. Yazara göre, her şeyden önce, Türklerin Anadolu’ya giriş tarihi, yazılageldiği gibi 1071 değildir. Orta Asya’da göçebe olarak yaşayan Şamanist Türkler, yayıldıkları geniş coğrafya nedeniyle Budizm, Taoizm, Hıristiyanlık ve Maniheizm gibi hemen hemen bütün dinlerle içlidışlıdırlar; İslam’la da, heterodoks karakterli tasavvufî akımlar sayesinde tanışır ve Müslüman olurlar. İslam tarihi içinde tasavvuf, ortaya çıktığı tarihsel-toplumsal koşullar nedeniyle heterodokstur ve bu koşullar ile Türklerin toplumsal yaşam tarzı arasındaki en önemli olgu, iktidar karşısındaki duruştur. Reha Çamuroğlu, İslam’ın gündelik dile "resmî İslam" ve "halk İslam'ı" biçiminde yansıyan din ve devlet ilişkilerini iki tasavvuf kavramı çerçevesinde değerlendirir: vahdeti vücut (varlık birliği) ve vahdeti mevcut (varlığın birliği). Vahdeti vücutçu sufîlere göre, son aşamada, her varlığın dışında ve üzerinde onları yaratan bir Allah vardır. Bu yorum, ortodoks İslam’a karşı olsa da vahdeti vücutçu çizgide gelişen tasavvufî akımların "resmî İslam"la çatışmasını ortadan kaldırır; iktidara eklemlenmesini kolaylaştırır. Vahdeti mevcut düşüncesine göre ise Allah, varlıkların, doğanın, evrenin ve bütün var olanların birliğidir. Bu varoluşun başı ve sonu yoktur. Dolayısıyla da İslam’ın en temel inançlarından biri olan yaratmak ve yaratılmak yoktur. Hallacı Mansur’un "Enelhak" (Ben Tanrı'yım) sözünde ifade bulan vahdeti mevcut düşüncesini benimseyen herhangi biri, doğal olarak, kendisi dışında bir otoriteye boyun eğmez. "Tarih, Heterodoksi ve Babaîler"de inanca ve ibadete ilişkin diğer noktalarda da ayrışan heterodoks "halk İslam'ı", Selçuklu ve Osmanlı devletlerince benimsenen Sünnî mezhebinin belirlediği "resmî İslam"dan giderek uzaklaşır. Daha Türklerin Anadolu’ya gelmeden önce kurdukları devletlerde baş gösteren çatışma ve sosyal hareketlilik de işte bu nedenle tahakküm-özgürlük ekseninde kendini gösterir ve heterodoks Türkmenler Anadolu’ya Selçuklu Hükümdarı Alparslan’ın 1071’deki savaşından çok önce girmeye başlarlar. Bizans hâkimiyetindeki Anadolu’da heterodoks Türkmenlerin tutunabilmesinin en önemli sebebi, Anadolu Hıristiyanlığının da XI. yüzyıl başında heterodoks karakter taşımasıdır. Bu nedenledir ki, iki toplum arasında din değiştirmeden yapılan evliliklere kadar uzanan bir kaynaşma söz konusudur. Başka bir deyişle, Alparslan 1071’de Romanos Diogenes’i yendiğinde, Anadolu, heterodoks Türkmenlerce bir anlamda zaten fethedilmiştir. Heterodoks Türkmenler kurdukları tekkelerle İslam’ı Anadolu’ya yayma görevlerini sürdürmekle birlikte, Selçuklu Devleti’nin kuruluşundan itibaren kentlerden, dolayısıyla da iktidarın "zor"undan uzak noktalarda yaşamayı tercih ederler. Mezhep olarak Sünnîlikte karar kılan Selçuklu, devlet düzenini oturtmada elbette dinden ve tasavvufî tarikatlardan da faydalanır. O tarikata mensup zenginler ve hükûmetin güçlü kademelerinde bulunan yöneticiler, tekkelere tarlalar, hanlar, hamamlar, dükkânlar bağışlar. Tasavvuf ehlinin bir kısmı böylece iktidara eklemlenir. Reha Çamuroğlu’nun "vahdeti vücutçu" olarak niteleyip resmî İslam’ın içinde saydığı bu kesimle yolları iyice ayrışan "vahdeti mevcutçu" halk İslam'ı ise, kendisini bu "düzene uydurma" çabalarından uzak tutar. Allah’ın kulluğundan bile azat edilmiş olduklarını söyleyen bu dervişler için devlete kulluk etmek, katlanılamaz bir "aşağılanma"dır. Sonuçta, beylikten sultanlığa geçişte, Anadolu’daki topraklarında düzeni sağlamaya çalışan Bizans’la çıkarları örtüşen Selçuklu beylerinin baskısı giderek sistemli bir hal alır. Tabiî direnç de. "Tarih, Heterodoksi ve Babaîler"de son derece ayrıntılı ve nesnel bilgilerle aktarılan ayrılık noktaları, Babaîler Ayaklanması’yla tam bir kırılmaya dönüşür. Ayaklanma, binlerce kişinin canına mal olacak şekilde, kanla bastırılır. Ancak bu, Anadolu’daki heterodoks İslam ile ortodoks İslam ilişkileri tarihinin sonu değil, başlangıç noktası olur. Selçuklu Devleti, bu süreçteki tutumuyla Anadolu’da kendisini var eden en önemli dinamiğini, heterodoks Türkmenlerin desteğini kaybeder. Üç yıl sonra Moğollarla savaşa tutuşan Selçuklu Devleti için Kösedağ yenilgisi (1243) sonun başlangıcı olur. "Tarih, Heterodoksi ve Babaîler", bir anlamda egemen mezhep anlayışıyla "öteki"ne karşı en hafifinden hoşgörüsüz davranan devlet modelinin nelere yol açabileceğini göstermesi bakımından da önem taşır. Ancak tarih kendini tekrarlayacak, yazarın "İsmail" adlı romanınında göstermeye çalıştığı gibi, benzer bir süreç Osmanlı’da da yaşanacaktır.