TED Ankara Koleji, Nişantaşı Anadolu Lisesi ve Özel Tercüman Lisesi’nde okuduktan sonra Boğaziçi Üniversitesi Uluslararası İlişkiler ve Siyaset Bilimi Bölümü’nden mezun oldu. Aynı üniversitedeki Atatürk Enstitüsü’nde, “Kürt Sorununun Kökeni” başlıklı master teziyle tarih yüksek lisansı yaptı. Bu tezin genişletilmiş bir versiyonu, Kürt Sorununu Yeniden Düşünmek: Yanlış Giden Neydi, Bundan Sonra Nereye başlığıyla kitaplaştı (Doğan Kitap, 2006). Sonraki yıllarda, Türk ve Batı medyasında, Türkiye, İslam ve Ortadoğu konularında yazmaya başladı. Makaleleri, bugüne dek, New York Times, Washington Post, Wall Street Journal, International Herald Tribune, Financial Times, The Guardian, Foreign Affairs, Newsweek gibi yabancı yayınlarda yer aldı. Islam without Extremes: A Muslim Case for Liberty adlı kitabı 2011’de ABD’de yayımlandı. Kitap, ertesi yıl, Kanada’daki Lionel Gelber ödülüne finalist oldu. Mustafa Akyol, halen Star ve Hürriyet Daily News gazetelerinde düzenli köşeyazarıdır.