Ergün Aybars 1941’de İstanbul’da doğdu. Çankırı Lisesi’ni ve Ankara Üniversitesi Dil Ve Coğrafya Fakültesi Tarih Bölümü’nü bitirdi. Aynı fakültede Türk İnkılap Tarihi Enstitüsü’nde asistan oldu. 1972’de “İstiklal Mahkemeleri 1920-19231 konulu teziyle tarih doktoru oldu. 1976-1977 arası araştırmaları için İngiltere’de bulundu. 1979’da “İstiklal Mahkemeleri 1923- 1927” konulu teziyle doçent oldu. 1980 yılında Ege Üniversitesi Edebiyat Fakültesi’nde Türkiye Cumhuriyeti Tarihi doçenti olarak göreve başladı. Ege Üniversitesi Atatürk İlkeleri Bölümü başkanlığı, Tarih Bölümü başkanlığı ve Edebiyat Fakültesi dekan yardımcılığı görevlerinde bulundu. 1983’te Atatürk Kültür, Dil ve Tarih Yüksek Kurumu Atatürk Araştırma Merkezi Bilim Kurulu üyeliğine atandı. 1995’te bu üyeliğinden istifa eden Ergün Aybars, Genelkurmay Askeri Tarih, Atatürk Araştırma Merkezi, Stratejik Araştırma Merkezi Bilim Kurulu üyeliklerinde bulundu. Şubat 1987’de profesör olan Ergün Aybars, Dokuz Eylül Üniversitesi Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi Enstitüsü müdürlüğünden 2008’de emekli oldu. Halen Genelkurmay Atatürk Araştırma Merkezi Bilim Kurulu üyesidir.