1944 yılında Adana’nın Ceyhan ilçesinde dünyaya geldi. Babası Özbekistan’dan Türkiye’ye Sovyet esaretinden kaçmış Şakir Altaylı, annesi ise Birinci Dünya Savaşı sırasında yine Adana bölgesine yerleşmiş Türkistan’ın ünlü din âlimlerinden Abdurrahman Hoca’nın (Kavuncu) kızı Melek Altaylı’dır. 1958 senesi Bursa Işıklar Askeri Lisesi’nde okumaya başladı. Ancak Talat Aydemir’in darbe girişimi sonucuyla 1439 Harp Okulu öğrencisiyle birlikte tutuklandı. Harp Okulu’ndan ayrılan Altaylı Ankara Hukuk Fakültesi’nden 1967 yılında mezun oldu. 1968’de General Fuat Doğu tarafından MİT’e alındı ve MİT’in ilk Sovyetoloğu olarak eğitildi. 1977-1980 yılları arasında Hergün gazetesinin başyazarı olarak çalıştı. 90’lı yılların başında Sovyetler Birliği’nin dağılmasıyla birlikte yeni Orta Asya cumhuriyetlerinin kurulması ve yapılandırmasında etkin rol oynadı. Altaylı’nın Esir Türk İllerinde 90 Gün ve Komünist Teoriler ve Sovyet Yayılma Siyaseti adlı kitaplarının yanı sıra, çok sayıda makalesi ve gazetelerde çıkmış yazı dizileriyle araştırmaları bulunuyor.