Ya gerçeklik olarak bildiğimiz her şey kurgulanmış, sanal bir dünyadan ibaretse?.. Yakın gelecek. Fen bilimlerine meraklı ilkokul öğrencisi Kaoru Futami, dünyada yerçekimi anormalliklerinin yaşandığı yerler ile uzun ömürlü insanların yaşadığı köyler arasında bir bağ bulunduğunu keşfedince, bilimadamı olan babasından o yerlerden biri olan Amerika’daki New-Mexico merkezli çöllük alana seyahat etmek için söz alır. Ancak hemen sonrasında, babası kansere yol açan yeni bir tür virüs kaparak hastalanınca planlarını iptal etmek zorunda kalırlar. Babasının hastalığı son aşamalarına geldiğinde Kaoru, artık tıp fakültesinde öğrencidir. Hastanede tanıştığı Reiko, Kaoru’dan hamile kalır. Ancak, Reiko da virüsün taşıyıcısıdır. O sırada virüs, geçirdiği mutasyonlar sonucu tüm dünyaya yayılmış, yalnızca insanları değil hayvanları ve bitkileri de tehdit etmeye başlamıştır. O sırada Kaoru, babasıyla gitmeyi planladıkları uzun ömür köyüne giden birinin virüsü yenmeyi başardığını öğrenir. Kaoru, babasını, Reiko’yu ve doğmamış çocuğunu kurtarmak için yola çıkar. Yolculuğu sırasında, babasının bir zamanlar dahil olduğu “on binlerce bilgisayarı birlikte kullanarak, sanal bir dünya programlayıp yaşamın evrimini ve olasılıklarını simülasyon yoluyla izleme amaçlı” Loop projesi çerçevesinde programlanan sanal bireyler Ryuci Takayama, Kazuyuki Asakava, Sadako Yamamura, Mai Takano ve Mitsuo Ando’nun, gerçek dünyayı kasıp kavuran virüsle bağlantılı olduklarını keşfeder. Bunlar arasında kilit isim Ryuci Takayama’dır.